m2eclipseの初期設定では、settings.xmlファイルの場所をC:\Documents and Settings\Administrator\.m2\settings.xmlというように%USERPROFILE%\.m2以下と指定しているため、settings.xmlの設定を使う動作、たとえばProxyを利用している場合のダウンロードなどが失敗してしまいます。
正しく設定するには、PreferencesのMaven → Installationsの中のUser Settingsの値を修正します。
こんな風にMaven2のconfの下を見るようにしておくのがわかりやすいと思います。
